Det ældste Aalborghus, omtalt første gang i 1340, lå lidt sydligere end det nuværende anlæg. Det kom senere i dronning Margrethe I's eje, og kong Hans døde her i 1513 efter et fald med hesten.
Omkring 1530 overvejede Frederik I at nedrive Aalborghus og indrette byens gråbrødrekloster til slot. Det blev dog hans søn, Christian III, der kom til at realisere nedlæggelsen, men han opførte i stedet i årene fra 1539 et helt nyt, befæstet slot længere mod nord, tæt ved Limfjorden. Arkitekten var kongens bygmester, Morten Bussert.
Domicil for lensmanden
Det nye Aalborghus blev påbegyndt få år efter borgerkrigen Grevens Fejde 1534-36. Aalborghus var dengang tænkt som en fæstning, med grundmur udad og bindingsværk mod gården. Slottet viste sig dog hurtigt uanvendeligt som fæstning, da anlægget i tilfælde af belejring ikke kunne forsyne sit mandskab med drikkevand. I stedet blev det landsdelens administrationscentrum som lensmandens domicil.
Slottet stod færdigt omkring 1555 som et trefløjet anlæg med en spærremur på den fjerde side ud mod Limfjorden. Op mod denne mur anlagde Christian IV ca. 1633 den store fløj, der ses i dag med facaden mod havnen. Den havde kornlofter i flere etager til at tage mod bøndernes skattekorn. En lignende har ligget på volden mod vest. Her findes endnu de lange saltkældre til oplagring af flæsk, fjerkræ, fisk og andre afgifter.
Af det nuværende anlæg er østfløjen fra det oprindelige slot fra 1550erne. Nordfløjen er som nævnt fra 1630erne, mens der mod syd blev tilføjet en fritliggende bindingsværksbygning i 1808-09. I årene 1952-64 blev de gamle kornlofter i nordfløjen gennemgribende ombygget under ledelse af kgl. bygningsinspektør Leopold Teschl og indrettet til kontorer og til en smuk amtsrådssal.
Sidst opdateret:: 19. juni 2009