På den mellemste slotsholm var der anlagt to parallelle fløje i to etager om den såkaldte Ydre Slotsgård. Mod vest lå Slotsherrens Hus fra 1611. Her havde kongens lensmand sin bolig. Mod øst lå Kancellibygningen fra 1615, som blev brugt af regeringens embedsmænd, når der var residens på slottet. Begge bygninger fik et ottekantet trappetårn og renæssancens svungne gavle.
Mod forreste holm blev der rejst en lav spærremur, der i midteraksen fik et kraftigt, firkantet porttårn. Porttårnet, eller Fangetårnet, fik på sydsiden en pragtportal i sandsten med kongens våbentavle. Det lavstammede tårn, som var den sidst opførte bygning – den stod færdig i 1620 – fik slottets absolut højeste og mest detaljerede etagespir.
Neptunfontænen
I 1622 blev der midt i slotsgården opstillet et udsøgt kunstværk: En fontæne med bronzefigurer og over alle knejste havguden Neptun. Neptunfontænen, en allegori over havenes hersker, var udført på billedhuggeren Adrian de Vries´ værksted ved kejser Rudolfs hof i Prag.
Frederik 2.'s bygninger på forreste holm blev bevaret og det indebar, at længdeaksen i dette anlæg kom til at ligge forskudt for aksen i Christian 4.'s bebyggelse, der gik fra Porttårnet til Sparepenge. Der blev skabt forbindelse med en bro, der slynger sig som et S og derfor kaldes S-broen.
Neptunfontænen blev taget som svensk krigsbytte i 1658, og de enkelte figurer er i dag udstillet på Drottningholm Slott ved Stockholm.
Sidst opdateret:: 10. november 2011