Huset er kendt som Christian 4.s Bryghus men er oprindelig en del af Københavns befæstning, som Christian 4. moderniserede omkring 1608. Kystlinjen ved Slotsholmen var et svagt punkt i byens forsvar, og derfor lod kongen bygge en kraftig hjørnebastion på det sted, hvor bryghuset ligger i dag. De vældige mure, en åben platform øverst oppe samt brystværn og skydeskår skulle holde fjenden på afstand.
Men allerede otte år senere mistede bygningen sin betydning som militært anlæg. Christian 4. havde nemlig anlagt Christianshavn med den nye bydels fremskudte kæde af volde og bastioner. Kongen beordrede bastionen taget i brug som bryghus, hvor der skulle brygges øl til militæret. Til det formål fik huset tilført et højt tagværk med spidse gavle og skifertag over den kraftige underbygning.
Brandene
I 1632 gik bryghuset op i flammer. Hvor stor skade ilden gjorde, vides ikke, men huset blev genopbygget i 1635-36. I de følgende år udviklede huset sig til et fuldt udbygget bryggeri med kobberkedler, tappe- og humlekar og med gulve af mursten og brosten.
Bryghuset genvandt dog for en kort bemærkning sin militære betydning under svenskernes belejring af København i 1658-60. Et af angrebene på byen satte ind netop ved Bryghuset. Med sine enorme mure og den strategiske placering nær Christian 4.s flådehavn, hvor Det Kongelige Biblioteks Have ligger i dag, kom huset til at danne udgangspunkt for forsvaret af hovedstaden. Under byens belejring opfyldte huset imidlertid også sin hovedfunktion; det forsynede flåden, garnisonen og hoffet med øl.
Natten mellem den 7. og 8. maj 1767 blev bygningen atter raseret af en omfattende brand. Bygningens tykke ydermure stod tilbage sammen med rester af de øvre mure. Tagværket og en del af hvælvene overlevede ikke branden, som satte punktum for bygningens historie som bryghus.
I de efterfølgende år blev bygningen atter genopført og fik sit nuværende udseende. Herefter tjente den i mere end 200 år som magasinbygning, først for Bryggerlauget og Søetaten, siden for Landetaten og senest for Tøjhusmuseet helt frem til 1998. Siden da har huset stået tomt. I 2001 overgik ansvaret for Christian 4.s Bryghus fra Kulturministeriet til Slots- og Ejendomsstyrelsen.
I disse år gennemgår det 8.000 etagekvadratmeter store bryghus med støtte fra TrygFonden en brandsikring, for at huset kan blive åbnet for offentlige formål.
Sidst opdateret:: 4. marts 2010